مؤسسه قرآنی حضرت معصومه(س) در راستای اهداف کلی خود مبنی بر ترویج فرهنگ انس با قرآن کریم، همواره در طول سال برنامه‌های آموزشی متنوعی را برای قرآن‌آموزان این مرکز در نظر گرفته است.
بنابراین، دوره‌های آموزش قرآن در رشته‌های حفظ، روخوانی، حفظ حضوری، تجوید سطح یک، تجوید عملی سطح ۲ و مفاهیم قرآن کریم، تدبر در قرآن و… برای تمام مقاطع سنی برگزار می شود.
مؤسسه در برپایی کلاسهای تخصصی قرآن همواره پیشتاز بوده است به طوری که در شهرستان میبد بالاترین استقبال مردمی و ثبت نام در رشته‌های مختلف و تخصصی قرآن کریم داشته است.
کلاسهای آموزشی قرآن کریم ویژه برادران در دارالقران امام حسین(ع) در فصل پاییز و زمستان، عصرها و در ادامه کلاسهای تابستان برگزار می شود.
در این دوره ها مربیان به تدریس روخوانی قرآن؛ ارائه مطالب اخلاقی و معنوی در قالب درسنامه ای که توسط گروه پژوهشی موسسه تدوین گردیده و همچنین برنامه های تفریحی سرگرمی و مسابقه می پردازند و در انتها مطالب ارائه شده از قرآن آموزان پرسش گردیده و به سوالات و اشکالات آنها پاسخ داده می شود.
